Berdasarkan Visi yang disebut diatas, maka Misi AKUB Effata adalah :
- Melaksanakan Tri Dharma Perguruan Tinggi dalam bidang Keuangan dan perbankan
- Mengembangkan ilmu dibidang manajemen dan bisnis, guna mendukung pertumbuhan industri dan perekonomian wilayah NTT dan kawasan Indonesia Timur.
- Menyiapkan pelaku bisnis yang dilengkapi dengan kompentensi dan profesionalisme yang unggul, serta memiliki kesadaran yang tinggi untuk mengabdi kepada masyarakat.